program z1;
var s:string[100];  d,i:integer; yes:boolean;
begin
i:=1;
d:=LENGTH(S);
writeln('vvedite stroky iz skobok');
readln(s);
begin
while i>=LENGTH(S) DO
if (s[i]='(') and (s[i+1]=')') then
yes:=true;
if yes=true  then
i:=i+2;
d:=d-2;
end;
if d<=0  then
writeln ('da')
else
writeln ('net');
end.

 program z1;
var s:string[100];
    i:integer;
    yes:boolean;
begin
 i:=1;
 writeln('vvedite stroky iz skobok');
 readln(s);
 yes:=true;
 while (i<=LENGTH(S)) and yes DO
  begin
   if (s[i]='(') and (s[i+1]=')')
    then i:=i+2
    else yes:=false;
  end;
if yes then
writeln ('da')
else
writeln ('net');
readln
end.

Переменная d излишне
If yes=true then можно писать просто if yes then
Программа будет продолжать работу, пока не наткнется на сбой, в этом случае yes примет значение false и произойдет выход из цикла.