Если написатиь прогу обработчик команд (командный процессор, как COMMAND.COM), а затем его собственно переименовать (сам исполняемый модуль EXE) в COMMAND.COM , и заменить на системной дискете COMMAND.COM на наш одноименный процессор, при этом останется загрузчик, IO.SYS, и MSDOS.SYS, то будет ли это считатся новой ОС, или просто обновление командного процессора?

P.S. А если изменить загрузчик на свой, и не пользоваться IO.SYS и подобными модулями, это будет новой ОС?

в первом случае наверное нет
а во втором ,если написать свой загрузчик ,свои обработчики прерываний ,свои драйвера -- тогда своя.

я как то начинал писать свою ось ,написал загрузчик ,одно прерывание ,для работы с диском (чтение диска в FAT12) ,а потом времени не хватало и знаний.

Чтобы перевести .Exe в .Com тебе понадобится exe2bin.
А оно тебе надо? Напиши своё расширение да и всунь в autoexec.bat...