почему под Windos 98 процедура Exec выполняется, а под Windos 2000 нет?

Ошибка в 18-ой строке...
А если серьезно, что Вы хотите, чтобы мы сказали? Без кода, просто так... Если чисто теоретически, то Exec выполняется и под 98, и под 2000, и под ХР.

и под 95 (в 95% случаев) :D и под досом...

проверьте директивы {$M}
и проверьте, сохраняете ли вы векторапрерываний.
swapvectors