В одной из моих программ нужно было внести дополнения в файл, а потом прочитать этот файл. Я делал это, соответственно,  при помощи процедуры Append. Но файл, в большинстве случаев, обновлялся только после перезапуска программы или через какой-то промежуток (большой)  времени. Даже когда применил Flush, то результат был тот же. В чем дело?
 
 P.S. Программа имеет большой размер (около 50 Кб).

Под чем запускаешь? Если под ДОС'ом, то нет ли SmartDriv'a. А под виндой не стоит, впрочем можно залезть в системный драйвер кэша ЖД и изменить его код, но не стоит. Если все-таки не получится - попробуй использовать не паскалевский Flush, а через ф-ии ДОС.