type

   heightMatrix = array [1..MaxInt,1..MaxInt] of shortInt ;
   pheightMatrix = ^heightMatrix ;

   var

      maxx, maxy : integer ;

   	Color1, color2 : shortint ;
      Color3, color4 : shortint ; // ñì. äîêóìåíòàöèþ
      length, width : integer ;
      x, y, x1, y1  : real  ; // êîîðäèíàòû ëåâîãî âåðõíåãî è ïðàâîãî íèæíåãî
      								// óãëà ïðÿìîóãîëüíèêà	

      phMat 		 : pheightMatrix  ;
      l, w         : integer ; // ñ÷¸ò÷èêè â öèêëàõ
      stepx, stepy : integer ;



....
 procedure CreatMatrix (var p          : pheightMatrix ;
  	                       var len, width : integer ) ;
   const
   name_in = 'Height_map.txt' ;

   var
   Input_map : text ;
   l, w : integer ; // l = length, w = width
   x, y : integer ;
   Size : integer ;
   begin
   {$I-}
   assign(Input_map, name_in) ;
   reset(Input_map) ;
   if IOResult <> 0 then
   	begin
      writeln('Ôàéë íå íàéäåí â êàòàëîãå ñ ïðîãðàìîé.');
      halt ;
      end ;
   {$I+}
    read(Input_Map, l) ;
    read(Input_Map, w) ;


    size := l * w * sizeOf(shortInt) ;
    writeln(size);

    Getmem(p, Size) ;  // только когда <= 100
    for y := 1 to w do
    	begin
      for x := 1 to l do
    	read(input_map, p^[x, y]) ;
      end ;

   len := l ; width := w ;

  close(input_map);
   end ;
...
BEGIN
 CreatMatrix(phMat,length, width);

Вот это добро не работает, когда Size > 100, как это обойти, если можно.

Стой, стой... Создаешь динамическую матрицу? Тогда неправильно создаешь...

Смотри здесь:
Динамические массивы и матрицы
(сначала выделяется память под L строк, потом инициализируется каждая строка. Естественно, способ обращения к ячейке - тоже другой)...