Собственно вопрос такой, как работать с реестром на паскале, и как сделать программу тока в виде процесса, чтоб можно было увидеть тока в taskmanager'Е????????

Поиск и еще раз поиск...

Вот тебе для примера: Работа с реестром
Насчет второго - попробуй посмотреть в DRKB, но я сомневаюсь, что тебе удастся сделать что-нибудь с CreateProcess, скорее всего - создание окна и его сокрытие...